Wirus z AI podany pacjentowi. Lekarze ogłosili przełom

– Niezwykle poważnie traktujemy naszą odpowiedzialność za ochronę prywatności pacjenta oraz utrzymanie zaufania partnerów klinicznych – podkreśla w rozmowie z The New York Times Eric Nguyen, prezes Radical Numerics. – Zamierzamy opublikować pełne wyniki naukowe w czasopiśmie recenzowanym, a wszelkie przyszłe szczegóły kliniczne zostaną ujawnione po uzyskaniu odpowiednich zgód – podkreśla Nguyen.

Środowisko naukowe reaguje na te doniesienia z dużym zaciekawieniem, ale i ostrożnością.

Chociaż wykorzystanie wirusów zaprojektowanych przez AI to zupełna nowość, sama fagoterapia ma już ponad sto lat. W obliczu narastającego, globalnego kryzysu spowodowanego przez antybiotykooporność coraz większej liczby groźnych bakterii, metoda ta przeżywa swój renesans. Fagoterapia jest jednak o wiele bardziej skomplikowana niż podanie standardowego antybiotyku. Każdy fag infekuje wyłącznie wybrane, ściśle określone szczepy bakterii. Dlatego znalezienie właściwego faga wymaga czasochłonnego testowania próbek w laboratorium.

– Poszukiwanie naturalnie występujących bakteriofagów bywa niezwykle pracochłonne – wyjaśniała w rozmowie z The New York Times dr Marisa Azad, specjalistka chorób zakaźnych z Ottawa Hospital w Kanadzie, współpracująca z Radical Numerics.

Część badaczy próbuje poszukiwać nowych gatunków fagów w glebie czy zbiornikach wodnych, by poszerzyć medyczny arsenał. Rozwój AI podsunął jednak inny pomysł: zamiast szukać fagów w naturze, można je zaprojektować od zera.

W 2025 r. naukowcy z Arc Institute w Palo Alto stworzyli model AI o nazwie Evo 2, wytrenowany na milionach sekwencji DNA, w tym na genach bakteriofagów. Model wygenerował około 700 000 nowych genomów wirusowych. Z tej puli zsyntetyzowano zbiór 285 cząsteczek DNA i wprowadzono je do bakterii – 16 z nich dało początek w pełni funkcjonalnym, żywym wirusom.

Trzech członków zespołu Evo (w tym Eric Nguyen) założyło Radical Numerics. W czerwcu 2026 r. firma zaprezentowała nowy model – Omnii. W przeciwieństwie do poprzedników, Omnii analizuje nie tylko sekwencje DNA, ale również strukturę białek oraz mechanizmy regulacji ekspresji genów.

Startup wykorzystuje platformę, m.in. Omnii, do przeprowadzenia testów klinicznych fagów zaprojektowanych przez AI.

Naukowcy wzięli na warsztat bakteriofaga T7, który infekuje pałeczkę okrężnicy (E. coli). Jak opisuje to dziennikarz New York Timesa, Carl Zimmer, wirus ten budową przypomina miniaturowy lądownik księżycowy Apollo – posiada białkową głowicę zawierającą DNA oraz sześć "nóżek" (włókienek ogonkowych). Aby zakazić komórkę, fag ląduje na jej powierzchni, zakotwicza się za pomocą nóżek i wstrzykuje swój materiał genetyczny.

To właśnie model Omnii wygenerował zmodyfikowane geny odpowiedzialne za kształt nóżek faga T7. Mimo że nowo zaprojektowane struktury znacząco różniły się od naturalnych, wirusy zachowały zdolność do infekowania bakterii.

Gdy mechanizm potwierdzono w laboratorium, firma podjęła współpracę z lekarzami prowadzącymi pacjenta z oporną na leczenie infekcją E. coli. Bakteria ta okazała się niewrażliwa zarówno na znane antybiotyki, jak i na wszystkie dostępne w bankach fagi.

Zespół ‘nakarmił " model Omnii danymi o konkretnym, lekoopornym szczepie pobranym od pacjenta. Dzięki temu sztuczna inteligencja zaprojektowała faga T7 ze zmodyfikowanymi nóżkami, zdolnymi do fizycznego uchwycenia tej konkretnej bakterii. Na podstawie projektów wygenerowano cząsteczki DNA i wprowadzono je do komórek gospodarza, które wyprodukowały cząstki faga. Nowo powstałe fagi pomyślnie zainfekowały i zniszczyły docelowe bakterie E. coli.

Co ważne, po przeprowadzeniu rygorystycznych testów bezpieczeństwa Amerykańska Agencja ds. Żywności i Leków (FDA) wydała zgodę na podanie preparatu pacjentowi.

Eksperci podkreślają, że badanie wciąż niesie ze sobą niepewność.

– Nie potrafimy na podstawie samych testów laboratoryjnych ze 100-procentową dokładnością przewidzieć, jak fag zachowa się wewnątrz żywego organizmu podczas rozwiniętej infekcji– tłumaczy na łamach The New York Times Brandon Berryhill, mikrobiolog ewolucyjny z Uniwersytetu w Upsali.

Berryhill zwraca również uwagę, że generowanie fagów przez AI nie tłumaczy automatycznie biologicznych podstaw sukcesu lub porażki terapii: "Wciąż bardzo słabo rozumiemy reguły tej gry".

Ocena skuteczności leczenia wymaga czasu. Terapia fagowa trwa od kilku dni do kilku tygodni, a stan pacjenta trzeba monitorować przez miesiące pod kątem ewentualnego nawrotu zakażenia. Jeśli próba się powiedzie, Radical Numerics planuje zredukować czas projektowania dedykowanego wirusa dla nowego pacjenta do zaledwie kilku dni.

Źródło: New York Times