W celu wyjaśnienia EMDR, Shapiro zaproponowała teoretyczny Model Adaptacyjnego Przetwarzania Informacji, który zakłada, że wszyscy ludzie mają wewnętrzne mechanizmy, dzięki którym radzą sobie z trudnymi wydarzeniami, nadając im jakiś sens i znaczenie; mają zdolność do wiązania przeszłości, teraźniejszości i przyszłości w jedną całość. W praktycznym rozumieniu Modelu Adaptacyjnego Przetwarzania Informacji podkreśla się zastosowanie protokołu o trzech rozgałęzieniach: przeszłości, teraźniejszości i przyszłości na tle relacji terapeutycznej. Przypuśćmy, że przeżyliśmy upadek z konia, który stanowił dla nas źródło silnego stresu, w związku z czym podejmujemy decyzję, że już nigdy więcej nie wsiądziemy na konia. I to właśnie negatywne emocje związane z upadkiem wpływają na decyzję „już nigdy nie wsiądę na konia”. Jednak unikanie konia nie zmienia samego wspomnienia, a zwierzę jest tym bodźcem, które wywołuje całą konstelację objawów, w tym ogromny lęk przed nim samym. To, co należałoby zrobić, a robi się za pomocą EMDR, to powrócić do docelowego wspomnienia, a następnie je przetworzyć. Przetwarzając przeszłe wspomnienia, redukujemy prawdopodobieństwo, że to wspomnienie zostanie wywołane w teraźniejszości. Założenie jest takie: jeżeli trudne wspomnienie nie będzie wywoływane w teraźniejszości, to zwiększamy szansę na zaangażowanie się w tę aktywność w przyszłości. Innymi słowy, za pomocą EMDR dezaktywujemy stare wspomnienia, które wywołują w nas silne emocje.